In Burghausen gibt es drei Grundschulen, eine Mittelschule, eine Realschule und zwei Gymnasien. Für die Grundschulen und die Mittelschule ist die Stadt Burghausen Sachaufwandsträger. Damit ist die Stadt finanziell für diese Schulen zuständig.
Die Grundschulen sind die Hans-Kammerer- und die Johannes-Hess-Grundschule, die beide in der Neustadt liegen. Die Hans-Stethaimer-Schule findet sich in der Altstadt. In dem Schulgebäude beherbergt die Hans-Stethaimer-Schule darüber hinaus eine Außenstelle der Pestalozzischule, einem Sonderpädagogische Förderzentrum in Neuötting. Die Außenstelle in Raitenhaslach gehört ebenfalls zur Hans-Stethaimer-Schule.
Die Einteilung der Kinder in die verschiedenen Grundschulen erfolgt über den Schulsprengel des Schulamtes Altötting.
Die weiterführenden Schulen Burghausens sind die Franz-Xaver-Gruber-Mittelschule, die Maria-Ward-Realschule, das Aventinus- und das Kurfürst-Maximilian-Gymnasium.
