Das ursprüngliche System der Flüsse Inn und Salzach mit ihrem ehemals weit verzweigtem, sich dynamisch verändertem Flussbett und seinen oftmals recht unterschiedlichen Pegelständen hat eine einmalige Landschaft hinterlassen. Gerade der Salzach kommt dabei eine immense Bedeutung in puncto Naturschutz zu.
Die biologische Vielfalt dieses einzigartigen Lebensraums sowie der dort angesiedelten Tiere und Pflanzen soll möglichst auch für die kommenden Generationen erhalten bleiben. Auf Initiative Deutschlands streben die EU-Mitgliedsstaaten aus diesem Grund ein europäisches Biotopverbundnetz an, das den Namen „Natura 2000“ trägt. Die Grundlage von Natura 2000 bilden die Fauna-Flora-Habitat- (FFH) sowie die Vogelschutz-Richtlinie (VS).
In einem Managementplan erfassen und bewerten Naturschutz- und Forstbehörden Lebensräume und Arten in den Natura 2000-Gebieten – auch entlang der Salzach. Sie schlagen Erhaltungs- und Wiederherstellungsmaßnahmen vor. Über die Umsetzung diese Ideen können die Grundstückseigentümer und Nutzer entlang des jeweiligen Gebiets selbst entscheiden. Sie zielen unter anderem darauf ab, Aue- und Nebengewässer zu reaktivieren beziehungsweise neu anzulegen, Hochwasserdeiche zurück zu legen sowie das Flussbett zu erweitern.
Zudem beteiligt sich Burghausen auch an der Aktionsgemeinschaft Lebensraum Salzach. Die Stadt ist eine Unterstützerin einer frei fließenden Salzach.
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Weitere Informationen zum Managementplan für das FFH-Gebiet „Salzach“ finden sich unter